İlk olarak 1950’lerde Kuzey Avrupa’da ve özellikle Ren Havzasında başlayan sınır ötesi işbirliği girişimleri, 1990’larda AB tarafından bütünleşme stratejisinin bir parçası olarak benimsenerek desteklenmiştir. Sınır ötesi işbirliği programları, AB ülkelerinin ortak sınır bölgelerinde, AB üyesi ülkelerle sınırları bulunan üçüncü ülkelerin sınır bölgeleri arasında ve Birliğin kendi içindeki bölgeleri arasında dengeli bir kalkınma için işbirliğini öngörmektedir. AB Bölgesel Politikası yanı sıra Avrupa Komşuluk Politikasının da araçlarından biri olan sınır ötesi işbirliği programları, sınır bölgelerinin kalkınmasına katkı sağlarken farklı kültür ve toplumların kaynaşmasına da vesile olmaktadır.
AB üyesi devletlerin yer aldığı sınır ötesi işbirliği programları, Yapısal Fonlar altındaki Avrupa Bölgesel Kalkınma Fonu (ERDF) tarafından finanse edilirken AB’nin dış sınırlarında yer alan aday ve potansiyel aday ülkeler ile AB üyesi olmayan üçüncü ülkelerde sınır ötesi işbirliğinin desteklenmesi için Katılım Öncesi Yardım Aracı (IPA) ile Avrupa Komşuluk ve Ortaklık Aracı (ENPI) şeklinde iki mali araç kullanılmaktadır. Türkiye, AB üyeliği için müzakere yürüten bir ülke olarak IPA fonlarından yararlanmaktadır. Sınır Ötesi İşbirliği altında ülkemiz, Bulgaristan-Türkiye IPA Sınır Ötesi İşbirliği Programı ve ENPI Karadeniz Havzasında Sınır Ötesi İşbirliği Programı olmak üzere iki programa katılmaktadır. Bu iki programa ilaveten ülkemiz 2021-2027 döneminde Interreg NEXT Akdeniz Havzası Sınır Ötesi İşbirliği Programından da istifade etmeyi planlamaktadır. Akdeniz Havzası Sınır Ötesi İşbirliği Programının uygulamasının ise 2023 yılının ilk üç ayı itibariyle başlatılması ve akabinde yine bu tarihlerde ilk teklif çağrılarının yayınlanması öngörülmektedir.
Sınır ötesi işbirliği programlarının Türkiye’deki Ulusal Otoritesi Avrupa Birliği Başkanlığı'dır.