İlk olarak 1950’lerde Kuzey Avrupa’da ve özellikle Ren Havzasında başlayan sınır ötesi işbirliği girişimleri, 1990’larda AB tarafından bütünleşme stratejisinin bir parçası olarak benimsenerek desteklenmiştir. Sınır ötesi işbirliği programları, AB ülkelerinin ortak sınır bölgelerinde, AB üyesi ülkelerle sınırları bulunan üçüncü ülkelerin sınır bölgeleri arasında ve Birliğin kendi içindeki bölgeleri arasında dengeli bir kalkınma için işbirliğini öngörmektedir. AB Bölgesel Politikası yanı sıra Avrupa Komşuluk Politikası ve AB Genişleme Politikasının da araçlarından biri olan sınır ötesi işbirliği programları, sınır bölgelerinin kalkınmasına katkı sağlarken farklı kültür ve toplumların kaynaşmasına da vesile olmaktadır.
AB’nin 2021-2027 bütçeleme döneminde AB’nin hem iç hem de dış sınırlarında yürütülen bütün işbirliği programları Interreg başlığı altında toplanmış olup mevcut durumda 86 Interreg programı yürütülmektedir. Buna göre, iç sınırlara yönelik 49, dış sınırlara yönelik 24 (10 IPA-Katılım Öncesi Araç ve 14 NEXT-Dış Sınırlarda Komşuluk Aracı) ve bir de PEACE+ Programı (İrlanda Cumhuriyeti ve Kuzey İrlanda arasında) olmak üzere toplam 64 sınır ötesi işbirliği programı (Interreg A) uygulanmaktadır. Bunun yanında, Interreg altında daha geniş ulus ötesi alanlar ve deniz havzalarına yönelik 2’si dış sınırlarda (olmak üzere 13 ulus ötesi program (Interreg B), Avrupa çapında ağ kurma ve kapasite artırılmasına yönelik 4 bölgeler arası işbirliği programı (Interreg C) ve AB ülkelerinin denizaşırı topraklarına yönelik 5 çevre dışı bölge programı (Interreg D) daha yer almaktadır.
Bahsi geçen programlara AB üyesi devletlerin katılımı Avrupa Bölgesel Kalkınma Fonu (ERDF) kapsamında finanse edilirken AB üyeliği için aday ve potansiyel aday ülkelerin katımı Katılım Öncesi Yardım Aracı (IPA) vasıtasıyla ve ayrıca komşu ve diğer ülkelerin katılımı ise Komşuluk, Kalkınma ve Uluslararası İşbirliği Aracı (NDICI) ile desteklenmektedir.
AB üyeliği için müzakere yürüten aday ülke olan Türkiye, 2021-2027 döneminde 1 sınır ötesi (Interreg A) ve 2 ulus ötesi (Interreg B) işbirliği programına katılmaktadır. Bunlar Interreg IPA Bulgaristan-Türkiye Sınır Ötesi İşbirliği Programı (Interreg A), Interreg NEXT Karadeniz Havzasında Sınır Ötesi İşbirliği Programı (Interreg B) ve Interreg NEXT Akdeniz Havzasında Sınır Ötesi İşbirliği Programıdır (Interreg B).
Ülkemizin 2003-2006, 2007-2013 ve 2014-2020 dönemlerinde katılım sağladığı Bulgaristan-Türkiye Programı altında toplam 79 milyon Avro, Karadeniz Havzasında Sınır Ötesi İşbirliği Programı altında ise toplamda 41 milyon avro hibe Türk ortaklı projeler için tahsis edilmiş olup iki program kapsamında toplam 310 proje başarı ile uygulanmıştır.
Sınır ötesi işbirliği programlarının Türkiye’deki Ulusal Otoritesi Avrupa Birliği Başkanlığı'dır.